Pracownia Inwentaryzacji i Digitalizacji Zabytków UPJPII została utworzona w roku akademickim 2007/2008 w ramach Wydziału Historii i Dziedzictwa Kulturowego i pod opieką Instytutu Historii Sztuki i Kultury. Siedziba pracowni mieści się w przyziemiu budynku przy ul. Bernardyńksiej 3. Od początku 2017 r. trwał remont pomieszczeń w przyziemiu budynku przy ul. Bernardyńskiej 3 w celu ich przystosowania do realizacji projektu „Sakralne Dziedzictwo Małopolski”.